蒙古在退出中原回到北方后，内部已出现分裂，大体分为瓦剌、鞑靼和兀良哈三部。而三个大的部族又是由多个小的部落构成，因此力量十分分散。而蒙古在之后的两百年中未能再次出现一个成吉思汗式的杰出领袖整合全族，因而未能再次崛起。但即便面临实力不济的蒙古，明朝也无可奈何。朱元璋建国之后的二百年中，蒙古始终如同悬在明朝头上的一把剑，威胁着北部的安全。
明朝本身的早衰，是其无力肃清北方的重要原因。明朝的军事体制最初为卫所制，组织形式和唐朝的府兵制颇为类似。朱元璋希望通过建立起生产和作战结合的半农半军组织来解决军饷问题，实现军队的自给自足。但唐朝的府兵实际上相当于自耕农，在农业生时不受组织约束，生产积极性较强。而卫所制下，军户的身份世代固定，只能生活在规定的“所”中，田地归卫所军官所有。如此体制下，一方面军户的生产积极性不高；另一方面，受限于技术条件中央无法严格掌控每个百户所，久而久之卫所军官吞并田产，奴役军户，造成军队战斗力下降，大量军户出逃。
以至于到明朝中期，朝廷不得不动用大量的财政养活卫所。即便如此，军队质量也未能得到提高，不得已明朝政府开始募兵。而募兵自然还要发饷，财政压力又增，如此恶性循环，不仅明军战斗力上不去，明朝的财政负担也越来越大。这样的军事制度下，防守尚且吃力，何谈北伐？卫所衰落的趋势在朱棣时期已经显露，而朱棣五次大规模北征又损失了不少精锐。之后土木堡之变京城三大营也几乎丧尽，明军彻底一蹶不振。
蒙古军队在退回北方后，因为组织涣散而几乎失去了大兵团作战能力，退化为只会打草谷的土匪，机动性较强。朱棣曾经五次北征蒙古，前两次取得了不错效果。但第三次开始，蒙古任总结了经验，采取化整为零的游击战，等待明军粮草耗尽后自行退回。要知道蒙古的游牧属性使得他们化整为零和零钱换整的成本十分低廉，而明朝要组织一次大规模的北伐则需要耗费近乎五十万的人力和数不清的粮草，投资和回报不成比例。朱棣前前后后折腾了五次，结果是鞑靼没消灭，反而令瓦剌做大。明朝的国力也消耗十分严重，朱瞻基不得不全面收缩以恢复生产，明朝保守的国策自此开始。
实际上，对付蒙古不一定非要靠打，大家和和气气做生意也不是不行。然而明朝在自身实力不济的情况下，依旧死撑着面子和蒙古对战。虽然在百年的交战中，明军也有不少次主动出击，并取得不错战果，但依旧无法逆转攻守局势。直到隆庆年间，在张居正和高拱的坚持下和蒙古诸部名义上的大汗俺达签订协议，开启互市，明朝和蒙古总体的敌对状态才基本解除。然而，正如前文所言，蒙古诸部分裂，俺达根本无法有效控制所有部落，所以局部冲突始终未停止。尤其是辽东地区的蒙古部落，始终与明朝敌对，明朝后期的著名将领李如松正是与土蛮部落交手时中伏身亡。
综合来讲，明朝军事制度的弊端导致其无力主动向北出击。另外，蒙古部落分散的组织形式也令明朝疲于应付。而明朝自傲的民族政策使得蒙古与明朝的冲突持续百年。相比而言，清朝解决蒙古问题的方法则更有智慧，胡萝卜加大棒，一旦蒙古臣服则立即将中原的地方治理模式变个名字推广到蒙古地区，实现对边疆的直接控制，利用强大的威慑力消弭分裂因素。如此看来，女真不仅精于骑射，在社会管理方面也是相当有一套的。
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