普通胃肠镜检查
检查后，需休息观察15~30分钟；若无明显不适，再离开医院。部分患者检查后会出现胃胀、嗳气、腹胀，属于正常现象；可通过揉肚子、俯卧位，并抬高臀部排气，或到厕所排便、排气后缓解。
未经活检或进行镜下治疗的患者，在检查结束2~4个小时后，即可进食流质或半流质饮食，或遵医嘱进食。
检查后1周内，部分行胃镜的患者可能有短暂的咽痛、咽部异物感、咳嗽等情况，属于正常现象，可服用润喉片、西瓜霜含片等减轻症状。
无痛胃镜检查
除上述普通胃肠镜检查的注意事项外，无痛胃肠镜镜检术后当天不能驾车，不能从事高空、精细作业或高风险行为，以防发生意外。
胃肠镜取活检或镜下治疗后
胃肠镜检查时，有些病症可以直接进行镜下治疗。对于这类患者，术后需住院观察，卧床休息24小时，避免大幅度活动，观察有无发热、心悸、冷汗、腹痛、便血等感染及出血并发症的表现。术后定期复查，具体可咨询医生。极少数患者出院后可能出现持续腹痛、腹胀、黑便、便血等症状，要及时联系检查医生，或到就近医院就诊。平素使用抗凝药及抗血小板药物者，术后用药必须权衡出血和血栓栓塞的风险，可以由消化科及心病科等多科会诊，充分评估，进行药物调整。术后1周禁止腹部热敷、热水洗澡、烫脚；1周内避免剧烈及重体力活动，预防出血。
饮食上，取活检者（活检是病理学检查的一种，是从患者体内切取、钳取或穿刺等取出病变组织进行检查的技术）在检查结束4小时后，方可进食流质或半流质饮食，且3天内禁食甜品、地瓜、韭菜、蜂蜜、山楂、豆腐乳、小米粥等容易引起胃酸分泌增加的食物；禁食生姜、生蒜、辣椒、酒、咖啡、浓茶、海带等生硬或刺激性食物；禁食芹菜、燕麦等有渣多纤维食物。
食管、胃、十二指肠、结肠镜下治疗术后患者注意，应禁食24~48小时。
食管、胃、十二指肠术后患者若无腹痛不适、出血及穿孔等表现，改为温凉流质食物（如米汤、面汤、牛奶等）3天，后改为清淡半流质饮食（如粥、烂面条、鸡蛋羹等）1周，之后逐渐过渡到正常饮食。但是，2个月内仍需禁食容易引起胃酸分泌增加的食物，禁食生硬刺激性食物及有渣多纤维食物。
结肠术后患者若无腹部不适、出血及穿孔等表现，改为清淡半流质饮食，禁食有渣、多纤维食物1周；之后逐渐过渡到正常饮食。出血且创面较大者，需延长禁食时间，遵医嘱进行静脉营养支持、抗感染治疗，服用制酸药物等。