正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜“飘洋过海”，“移民”到卵巢内引发的一种疾病，它是子宫内膜异位症中最常见的一类，与肿瘤性质的卵巢囊肿有本质的区别。子宫内膜“移民”到卵巢内后，仍受卵巢性激素的周期性影响。当月经来潮时，“侨居”卵巢内的异位内膜也会发生“月经”样出血，“经血”无法排出体外，只得潴留在卵巢内。脱落于“经血”中的异位内膜像种子一样，继续种植于卵巢内，就是如此周而复始的循环，月复一月，年复一年，潴留于卵巢内的“经血”越积越多，就形成了由小到大的囊包，医学上称为“卵巢内膜异位囊肿”，由于囊肿内的血是长期潴留的陈旧血，外观呈巧克力糊状，故又称为“卵巢巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿是妇科病中最复杂的病，是患病女性挥之不去的梦魇，它是最不易治疗的良性肿瘤。它到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想，而根治手术又不适合想要生小孩的女性。据了解，巧克力囊肿已经成为现代女性的多发病，它在大龄未生育的女性中并不少见，有人甚至认为它很可能成为这个世纪最为严重的妇女疾病之一。 因此用药品等方法治愈卵巢巧克力囊肿的重任历史性的落在祖国传统医学的身上。具不完全统计，一个省级三甲医院每天都有几台卵巢巧克力囊肿切除术，全国有多少这类的医院?每年要切掉多少女士的卵巢，子宫?外科手术的确治愈了很多患者，但同时也切出了多少人间悲剧!
巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。因为它会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛;如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕。严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。