这是一个关于缘分与剑的故事。远古时代，蚩尤的弟弟大剑师襄亘以肉身锻造出祖剑。神剑威力无穷，斩神杀魔，终于震撼伏羲
一夜之间，向根和部落安义被屠戮殆尽。然而，故事并没有结束。安依族的分支龙渊族幸存下来，竭力反攻天庭。
与此同时，在天涯海角，长琴在弹琴时结识了颛顼，从此成为挚友，直至长琴被召回天庭。颛顼一朝扰乱东海，天帝派水神、火神、长琴前来惩戒，但颛顼有龙钟鼓保护，祝融和共工无计可施。
只得让太子长琴奏乐，以混淆钟鼓。太子长琴奏到一半，突然发现祝融公公要杀老友转玉，不忍再奏。因太子长琴未能将应龙的钟鼓与琴声混淆，祝融共工对抗钟鼓，毁掉了天竺。
长琴漫游药山的灵魂被龙渊部落俘获，注入古剑中作为剑灵，用于焚烧祭祀。伏羲又怒了。女娲为阻止伏羲屠戮龙渊，夺回凶剑，与魔界大战。她设下计谋，将龙渊部族全部带入地底隐蔽处，同时派祭司将七把凶剑分配到各地进行封印。
千年后，火祭的封印被解开，女娲派神官风广陌去加固封印，故事也从此展开……
屠苏他们学会接受好与坏、爱与恨的对立，学会拥抱怪物。那么铁柱大师不需要关魔塔，不需要关住内心的愤怒，他可以有情有欲，不需要压抑自己做道士，斩妖除魔。当然，在这些系列剧中，并没有这样的内容。
在轩辕剑中，主角和魔女在最后走到了一起，终于有了孩子，在成长的道路上又迈进了一步。