紫薇陪皇上南巡替皇上当了一刀后，深的皇上喜欢，皇上还计划回宫后封紫薇为妃呢，怎么就突然把紫薇打入大牢了呢？这件事还得从西藏的塞娅公主进京说起。
西藏吐司带公主塞娅进京觐见皇上，为了显示大清武力高超，皇上安排了一场比武比赛。在比武场，塞娅被尔康打的心服口服，她被尔康的英俊潇洒深深吸引了。
西藏吐司此次带塞娅来京，其中的一个目的就是联姻。皇上本意是要把塞娅许配给五阿哥永琪的，而尔康是要留给还珠格格小燕子的。怎料，一场比武，让塞娅看上了尔康。
让尔康奉旨完婚的消息传来，紫薇大吃一惊。事情已经迫在眉睫，如果不采取行动，尔康就成了西藏吐司的驸马，而紫薇要成为皇上的妃子了。她们商量过后，决定择日不如撞日，要立刻把真相告诉皇上，让真相大白，以阻止尔康跟塞娅成婚。
小燕子留下一句要头一颗，要命一条，就跑去找皇上说明真相了，紫薇和尔康也一并跟着去了。
小燕子见了皇上，也顾不得西藏吐司也在场，直接说了句“你不可以把尔康配给塞娅”，揭开了“真相”的帷幕。
当皇上听到小燕子不是格格，紫薇才是夏雨荷的女儿后，十分震惊，认为自己被她们两个丫头玩弄于股掌之间，再加上皇后在旁边添油加醋，皇上不想自己去判断事情的真相，怕自己的感觉也是错的，只好交给宗人府去审判，于是皇上就把他们关进宗人府审问，以得知真相到底是什么。
就这样，紫薇和小燕子被押入大牢，并在大牢内被用刑，严刑拷打。
永琪和尔康求皇上放过紫薇小燕子无果后，他们逼不得已，假传圣旨，进入宗人府，强行把已经遍体鳞伤的小燕子、紫薇、金锁三人救出来。
而皇宫内，皇上也召集大臣在商议真假格格之事。
大臣说到：还珠格格进宫以来，常常让皇上开怀大笑，可谓功过相抵。紫薇以肉体之躯去当那把刀，大概是父女天性。一本好书看到最后，虽然结局跟自己预期的不一样，但好书就是好书，换个角度去看，岂不是回味无穷。皇上何不以宽阔的胸怀，原谅她们小小的过错，把两个格格都留在身边，以享受天伦之乐。
皇上听了大臣的话，也会想起小燕子进宫后带给自己的欢乐，紫薇身上那种始终存在的熟悉感，才恍然大悟。紫薇和小燕子亲切的就像自己的两只手，已经和自己密不可分，真的假的又怎么样呢？最可贵的是那一片真心啊。
皇上决定带大臣一起去宗人府接紫薇和小燕子回宫。可是当皇上到达宗人府看到满地狼藉后，震惊了！
他们一行人劫狱成功后，商量着要去济南，逃离皇宫和皇上。可是当尔泰独自一人回宫去面对一切的时候，她们又不想让无辜的人牺牲，自己做逃兵。就这样，他们又回到了皇宫，回到了皇上面前，勇敢的面对一切。
而此刻，皇上在心里其实已经原谅他们了。皇上得知他们劫狱是因为宗人府对她们用刑，屈打成招。看到小燕子紫薇遍体鳞伤，皇上心疼不已。
就这样，小燕子和紫薇的身份真相大白，并取得了皇上的原谅。紫薇被封为明珠格格，光明正大的做皇上的女儿了。
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