新冠肺炎防控期间，为了最大限度地隔离病毒传染源，切断传播途径，武汉逐步增加隔离点。隔离点的增加也意味着医疗废物产生量也随之增多，为了能够及时、有序、高效、无害化处理医疗废物、避免造成二次污染，湖北按生态环境部要求，做到“一个专班、一倍能力、一个方案、一个暂存库”，加强医疗废物的应急接收和处置能力，即全省各市（州）成立专班，编制应急预案，提升一倍处置能力，建设至少一个医疗废物暂存仓库。
为了能够及时有效处理隔离点的医疗废物，湖北省特地改造升级了一批厂房和设施，作为应急处置单位，以确保在对于一些原有的处置公司满负荷作业时，可随时启动应急。现在黄冈市宏源药业股份有限公司、华新环保公司已完成应急处置试运行，十堰市东风环保公司焚烧设施已维护检修完毕，具备应急能力。
在日常的处理中，医疗废物需要先送到医院的暂存库，在暂存库的处置中心将由专业团队拉到处置点处理。在疫情防控期，在运输能力和终端处置能力吃紧的情况下，武汉病区出来的医疗垃圾，可以通过医疗废物应急处理系统就地实现无害化处理，切断二次污染的途径。
目前武汉的医废处理模式为消毒后的医疗废物桶放在医废暂存区，按批次进行应急处理。医疗废物应急处理系统包括上料、进料、灭菌、出料、输送、卸料六个环节。六个环节总周期长约80分钟左右，需由工作人员一次推一桶医疗废物到上料工位，经过自控、提升、翻斗，废料倒入灭菌小车，进到温度在135度以上的高温灭菌舱进行45分钟以上的高温蒸汽灭菌。最后，废料处理达标后出料，换到运输工位上，放到一个密封的塑料袋里，平移到卸料工位。处理完的医疗废物同生活垃圾一样，由环卫系统清运，送到最近的垃圾焚烧场。
截至目前，湖北省处置能力达到648.6吨/天，增加468.6吨/天；武汉市处置能力达到262.8吨/天，增加212.8吨/天，其中包括生活垃圾焚烧炉100吨/天处理一般医疗废物能力。
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