亚美尼亚与阿塞拜疆关系之所以会水火不容，是因为纳格尔诺-卡拉巴赫（简称纳卡）的问题。
阿塞拜疆认为纳卡是属于阿塞拜疆的，这个也是得到了大多数国家的承认的，但是，纳卡主要人口的地方居住的却是亚美尼亚人。所以，亚美尼亚也认为纳卡是属于亚美尼亚。因此纳卡成为了两国纠纷的矛盾。
阿塞拜疆一直想同化纳卡的亚美尼亚人，但是遭到了纳卡亚美尼亚人，以及亚美尼亚的强烈反抗。
亚美尼亚甚至在八十年代末，正式对外宣布纳卡是属于亚美尼亚，但同样遭到阿塞拜疆的强烈反抗。于是两国爆发了著名的纳卡冲突。1994年，两国就纳卡问题进行过调解，但还是没有谈拢，直到现在也没有得到解决。
关于纳卡的问题，阿塞拜疆得到的支持比较多些。
原因是，第一个阿塞拜疆的飞地纳希切万，纳希切万的最北端很靠近亚美尼亚的首都，才距离50公里，亚美尼亚的疆域是属于北边宽南边窄，所以希切万正好顶在亚美尼亚南边连接伊朗的狭长通道西侧。第二是因为亚美尼亚的信仰是基督教，和周边一些国家的信仰差异很大，所以周围的国家大多数都是支持阿塞拜疆的。
亚美尼亚是一个面积很小的内陆国，只有2.98万平方公里，而已有90%的面积在海拔一千米以上，可以说地缘比较“恶劣”。
和周边的国家因为信仰不同的问题，交流不密切，虽然说和俄罗斯的关系比较不错，但是和俄罗斯之间隔了一个格鲁吉亚，所谓远水救不了近火，能或得的支持也比较少，所以，相比阿塞拜疆处于弱势。